1.食品科学与工程（083200）
本专业是以水产品、农产品和畜产品等生物资源为研究对象，依据食品的生物学、生化、营养、质构特性及其加工适性，应用食品科学理论与现代高新技术，重点开展食品的保鲜保藏、加工利用、品质评价、安全检测与控制等技术研究。我校开展(水产)食品加工的研究工作至今已有近百年的历史。
本学位点依托上海海洋大学食品科学与工程学科前身追溯为吴淞水产学校水产制造科，设立于1912年。本学科于1998年被批准为农业部重点学科，2005年被批准为上海市特色重点学科。1986年获批水产品加工及贮藏工程二级学科硕士学位授权点，2003年获批水产品加工及贮藏工程二级学科博士学位授权点，2005年获批食品科学与工程一级学科硕士学位授权点，2009年建立食品科学与工程博士后科研流动站，并于2010年获批食品科学与工程一级学科博士学位授权点。至此，本学科具备了从本科、硕士到博士完整的高层次人才培养体系，以开拓创新的科学思维和“勤朴忠实”的校训精神培养高层次人才。
本学位点主要特色培养方向包括：水产品高值化加工利用、食品质量安全风险评估、食品冷链物流品质控制、食品加工工程新技术、食品营养健康功能评价等，以培养“食品科学与工程领域的高级复合型应用人才”为目标方向，培养适合现代科学技术发展和社会需要的德、智、体、美、劳全面发展的专业人才。
2.制冷及低温工程（080705）
上海海洋大学制冷及低温工程硕士隶属于国家一级学科动力工程及工程热物理。1984年食品学院水产品加工及贮藏工程学科获硕士学位授予权后，即在其中设立制冷工程研究方向开始招收硕士研究生，1996年该学科获硕士学位授予权；2003年水产品加工及贮藏工程学科获博士学位授予权后，也在其中设立食品冷冻冷藏学研究方向开始招收博士研究生。制冷及低温工程专业将动力机械与食品加工相结合，以食品冷冻冷藏研究为专业发展特色，在华东地区乃至全国的食品低温保藏领域具备良好的社会声誉。
本专业主要从事制冷及低温工程领域的基础理论与工程应用研究，作为能源利用和国民经济发展的重要基础，制冷及低温工程广泛应用于建筑及生物贮藏、人工环境、石油化工、农业、医疗、交通运输及航天领域，尤其是在民用制冷、商业制冷、工业制冷、生物质冷冻冷藏技术等方面发挥了不可缺少的重要作用。
本专业的主要研究方向：食品冷冻冷藏工程，食品冷藏链集成技术、制冷装置仿真和优化，制冷装置的开发和测试。拥有一批国际先进的实验和测试仪器设备，在农业部冷库及制冷设备质量监督检验测试中心和学科实验研究中心的基础上，又建立了食品冷藏链研究中心及多个相配套的设备先进的实验室。
制冷及低温工程专业将动力机械与食品加工相结合，以食品冷冻冷藏研究为专业发展特色，在华东地区乃至全国的食品低温保藏领域发挥着重要的作用。
3.生物学（071000）
本专业综合了生物化学、分子生物学、微生物学和食品生物技术等数个学科领域交叉的优势。主要以海洋动植物、微生物等为研究对象，在蛋白质水平和分子基因水平上对海洋生物的功能性蛋白或活性多肽展开深入研究；另一方面，对食品安全中涉及到的各种有害微生物的作用机理展开研究。本专业的主要研究方向：鱼类肌肉分化和生长的机理研究、海洋生物功能性蛋白和多肽的基因工程制备技术、生物技术在食品安全评价和检测中的应用。
4.生物与医药（085231）
学位点前身追溯为食品工程专业硕士，设立于2010年，2019年更名为生物与医药，现设食品工程和制药工程两个方向。主要是培养从事食品加工与保藏、食品生物技术、食品化学及应用、食品检测与分析、粮食与油脂加工、水产品加工、畜产品加工、果蔬加工、食品机械与包装、功能性食品、食品分离与重组、生物制药等领域的应用研究和技术开发的高级工程技术与管理人才。
5.能源动力（085206）
学位点前身追溯为动力工程专业硕士，设立于2010年，2019年更名为能源动力。本专业是研究工程领域中实现物质、能量转换、传递和利用等过程及其装备的理论和技术，提高其利用率，并减少消耗和污染，推动国民经济可持续发展的应用技术学科。本学科既是一门完整而独立的学科，又与其它科学领域，如电子技术、计算机技术、材料科学和自动控制技术等相互渗透、交叉。因此，动力工程相关学科领域有热能工程、动力机械及工程、化工过程机械、液体机械与工程、机电一体化以及计算机应用等。本领域培养的工程硕士应成为从事动力工程领域科学研究与开发应用、工程规划与管理等方面的复合型高级工程技术人才。
6.食品加工与安全（095135）
“食品加工与安全”领域农业硕士是与优质农产品或优质食品原料生产、农产品加工与食品制造、食品质量安全控制及监管等方面任职资格相联系的专业学位。以发展现代农业和食品产业为宗旨，为相关企事业单位和管理部门培养具有坚实的基础理论和宽广的专业知识，能够独立承担食品加工与安全相关的专业技术或管理工作，具有较强的解决实际问题的能力和创造力，具有良好职业道德的应用型、复合型高层次人才。