食品科学与工程专业是有史料记载的全国第一个（水产）食品加工专业，前身可追溯至1912年江苏省立水产学校设立的“制造科”，基于1993年颁布全国高校专业目录命名为食品科学与工程专业，是4年制本科专业。2008年被批准为国家级特色专业，2009年增设了食品科学与工程（食品物流工程方向）专业，2014年根据教育部要求，食品物流工程专业方向并入食品科学与工程专业。专业依托的食品科学与工程学科2006年获一级学科硕士学位授予权，2009年设立博士后科研流动站，2011年获得一级博士学位授予权，2013年获上海市一流学科（B类）建设，2015年获上海市高原学科建设，2016年教育部第四轮学科评估中位列全国并列第八位，取得B+佳绩。
本专业现有在校生378人，每年招收本科生100余人、研究生150余人。现有专任教师30人，其中教授和副教授27名（占比90%），高级工程师1人，具有博士学位27人（占比90%），专业师资的职称、年龄、学历、学缘结构合理，都具有工程实践经历。专业在教学和科研上发展迅速，秉承了原水产品加工的专业特色，并拓展到海洋资源综合利用、食品低温物流、食品工程等领域，具有广阔的专业发展前景。
专业于2015年和2019年两次通过IFT认证，是全球首批通过2018新版IFT国际认证标准的专业。2017年入选上海高校全英语规划专业建设，2019年入选教育部首批“国家级一流本科专业”建设点，2021年4月通过了欧洲ASIIN认证。拥有国家级教学实验示范中心、农业部水产品加工副产物综合利用技术集成中试基地、上海水产品加工及贮藏工程技术研究中心等国家级和省部级工程实践教学平台7个，现有仪器设备固定资产5475.6万元，实验室面积5262.8 m2，实习基地近20家。近3年获国家一流课程1门、上海市一流课程2门、上海高校外国留学生英语授课示范课程1门，在建上海市重点课程2门；专业教师主编教材获优秀教材奖1部，获市级教改项目4项、市级及以上讲课和微课比赛获奖3项。